神戸聖愛教会の歴史は、アメリカの北部バプテスト教会から派遣されたH.リース宣教師の神戸伝道（1882年）に始まります。

1945年に戦争中の空襲で焼けた３つの教会が合同して「神戸聖愛教会」として再出発した後、1992年に現在の礼拝堂が建設されました。さまざまな教派による合同教会である「日本キリスト教団」に属しています。